Le strutture sono coordinate da Comitati scientifici, uno per ogni Research Action Network, che indirizzano gli studi svolti e ne valutano i risultati, e che si interfacciano con direttivo e assemblea concorrendo alla definizione ed al coordinamento delle linee guida. Inoltre, dispone di due Centri-Studi, in particolare il Centro-Studi “Laura Conti” in cui è racchiuso l’archivio originale della stessa ricercatrice e ambientalista, e il “Centro studi sui commons rurali”, che vede impegnati i ricercatori nella ricerca archivistico-storica e economica sulle comunanze agrarie dell’Appennino con lo scopo di riattualizzarle. Un ufficio specifico gestisce invece l’attività amministrativa.

La struttura di ricerca e sviluppo si basa su un’organizzazione formata da diversi livelli (Assemblea - Direttivo - Comitati Scientifici - RAN e RN) che dialogano tra loro nella definizione e nella implementazione di specifiche linee di ricerca. In coerenza con i principi che guidano l’azione dell’ente (scienza come pratica aperta, partecipata e collaborativa), l’attività di ricerca azione portata avanti dai RAN permette di costruire relazioni all’interno di network accademici e territoriali, di sviluppare progettualità, organizzare eventi pubblici, percorsi di formazione e disseminazione della ricerca in sinergia con soggetti del mondo produttivo e imprenditoriale del territorio di riferimento, producendo feedback che orientano le future scelte nella definizione delle linee guida, in una logica circolare tra i diversi livelli organizzativi.